Sebagai lembaga yang berada di bawah Badan Keamanan Laut Republik Indonesia (Bakamla RI), Bakamla Gorontalo beroperasi dengan mengikuti berbagai regulasi dan peraturan yang ditetapkan oleh pemerintah untuk menjaga keamanan dan ketertiban di wilayah perairan. Berikut adalah beberapa regulasi utama yang menjadi acuan dalam pelaksanaan tugas Bakamla Gorontalo:

1. Undang-Undang No. 32 Tahun 2014 tentang Kelautan
   Regulasi ini menjadi dasar hukum utama yang mengatur tentang pengelolaan wilayah laut Indonesia, termasuk pengawasan, pengamanan, dan penegakan hukum di perairan. Undang-Undang ini mengamanatkan pentingnya koordinasi antar lembaga terkait, termasuk Bakamla, dalam menjaga kedaulatan dan keamanan wilayah laut.
2. Undang-Undang No. 17 Tahun 2008 tentang Pelayaran
   Mengatur tentang pelayaran di wilayah perairan Indonesia, termasuk hak dan kewajiban kapal, pengawasan pelayaran, serta prosedur keselamatan laut. Bakamla Gorontalo berperan dalam memastikan kapal-kapal yang beroperasi di perairan Gorontalo mematuhi regulasi ini.
3. Undang-Undang No. 5 Tahun 1983 tentang Zona Ekonomi Eksklusif Indonesia (ZEEI)
   Regulasi ini menetapkan batasan zona ekonomi eksklusif Indonesia dan hak negara untuk mengeksploitasi dan mengelola sumber daya alam di wilayah tersebut. Bakamla Gorontalo memiliki peran penting dalam pengawasan dan penegakan hukum di ZEEI, khususnya terkait dengan kegiatan ilegal yang merusak sumber daya laut.
4. Peraturan Presiden No. 178 Tahun 2014 tentang Badan Keamanan Laut (Bakamla)
   Peraturan ini mengatur struktur organisasi, tugas, dan wewenang Bakamla RI, yang juga berlaku bagi Bakamla Gorontalo. Peraturan ini mengarahkan Bakamla untuk melaksanakan pengawasan keamanan laut, penegakan hukum di laut, dan memberikan koordinasi antar instansi terkait.
5. Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan No. 2 Tahun 2017 tentang Pengawasan Sumber Daya Alam Laut
   Regulasi ini mengatur tentang upaya pengawasan terhadap aktivitas perikanan, penangkapan ikan ilegal, serta pengelolaan sumber daya alam laut. Bakamla Gorontalo turut berperan dalam penegakan hukum terhadap kegiatan ilegal di perairan.
6. Peraturan Kepala Bakamla No. 17 Tahun 2017 tentang Prosedur Operasional Patroli Keamanan Laut
   Peraturan ini mengatur tentang prosedur dan metode patroli yang harus dilaksanakan oleh Bakamla, termasuk koordinasi dengan instansi lain, serta penanganan situasi darurat dan insiden di laut.
7. Peraturan Menteri Perhubungan No. PM 82 Tahun 2014 tentang Keamanan Pelayaran
   Mengatur tentang prosedur keselamatan pelayaran di Indonesia, yang mencakup persyaratan untuk kapal, pelabuhan, dan aktivitas pelayaran lainnya. Bakamla Gorontalo bertugas untuk mengawasi implementasi peraturan ini di wilayah perairannya.
8. Peraturan Pemerintah No. 51 Tahun 2002 tentang Pengelolaan Sumber Daya Alam Laut
   Menyediakan dasar hukum untuk pengelolaan sumber daya alam laut secara berkelanjutan. Bakamla Gorontalo berperan dalam pengawasan untuk memastikan bahwa eksploitasi sumber daya alam laut dilakukan dengan cara yang ramah lingkungan dan sesuai dengan ketentuan yang berlaku.

Melalui penerapan regulasi-regulasi tersebut, Bakamla Gorontalo berkomitmen untuk menjaga keamanan laut, melindungi lingkungan maritim, serta mendukung pengelolaan sumber daya alam laut yang berkelanjutan. Semua kegiatan yang dilakukan oleh Bakamla Gorontalo selalu mengacu pada peraturan yang ada demi memastikan terciptanya kedaulatan dan ketertiban di perairan Indonesia.